Penyakit infeksi saluran pernafasan akut masih menjadi masalah kesehatan di dunia khususnya di Indonesia. Meskipun dapat sembuh sendiri pada orang sehat, penyakit ini dapat menyebabkan hilangnya produktivitas dan menyebabkan kesakitan dan kematian pada usia lanjut. Infeksi saluran pernafasan akut seringkali disebabkan oleh beberapa virus, terutama virus influenza yang merupakan penyebab utama, dan human Respiratory Syncytial Virus (hRSV) yang kasusnya makin banyak dijumpai.
Banyak studi yang telah dikembangkan untuk mendeteksi virus-virus pada saluran pernafasan diantaranya adalah multiplex Nested PCR, reverse transcription (RT)-PCR atau real-time PCR. PCR merupakan salah satu cara untuk memperbanyak fragmen DNA (Deoxyribo Nucleic Acid) spesifik secara enzimatik in vitro. Proses PCR menggunakan DNA template (mengandung fragmen DNA yang akan diamplifikasi), dua primer (menentukan daerah awal dan akhir dari DNA yang diamplifikasi), DNA polymeras, Deoxynukleotida-trifosfat, buffer (memberikan kondisi kimia yang cocok untuk DNA polymerase) dan sepasang oligonukleotida primer yang akan menghibridisasi rantai unggal dari arah yang berlawanan dengan DNA target.
Nested PCR (N-PCR) adalah suatu metode baru yang dikembangkan untuk dapat mengevaluasi dan mendeteksi virus. Nested PCR dikembangkan karena infeksi pada saluran pernafasan disebabkan oleh jenis virus yang sangat heterogen. Nested PCR dapat mendeteksi 21 jenis virus penyebab infeksi gangguan pernafasan diantaranya adalah virus influenza A (FluA) yang terdiri dari H1N1, H3N2, dan H5N1; virus influenza B (FluB); parainfluenza virus (PIV) tipe 1, 2, 3, 4a dan 4b; respiratory syncytial virus (hRSV) A and B; human rhinoviruses (hRVs); human enteroviruses (hEVs) ; human coronaviruses (HCoV-229E, HCoV-OC43); severe acute respiratory syndrome coronavirus; human metapneumoviruses; Mycoplasma pneumoniae; Chlamydophila pneumoniae; Legionella pneumophila dan adenoviruses (ADV-A sampai F). Pengujian multiplex nested PCR terdiri dari lima kelompok uji dimana masing-masing kelompok multiplex nested PCR mendeteksi empat sampai lima virus.
Keuntungan multiplex Nested PCR adalah mempunyai durasi yang lebih cepat dalam mendeteksi virus yaitu selama 35 menit. Metode ini lebih cepat dibandingkan metode konvesional lain seperti isolasi virus dan immunofluorescent test assay (IFA). Dari hasil tes menunjukkan bahwa multiplex Nested PCR lebih spesifik dan lebih sensitif untuk mendeteksi virus. Ini terbukti dengan melihat hasil perbandingan tes berikut :
|
No. |
Metode |
CI |
Rincian |
Hasil Keseluruhan |
Satuan |
|
1. |
Multiplex Nested PCR |
95 |
42,9-54,1 |
48,5 |
% |
|
2. |
Isolasi virus |
95 |
15,6-24,6 |
20,1 |
% |
|
3. |
Immunofluorescent Test Assay |
95 |
9,7-17,4 |
13,5 |
% |
Hasil tes tersebut menunjukkan dan membuktikan bahwa multiplex Nested PCR lebih spesifik. Keuntungan lainnya yaitu multiplex Nested PCR tidak hanya mendeteksi cultivatable virus tapi juga virus yang tergolong noncultivatable, particularly rhinoviruses, coronavirus OC43, dan metapneumoviruses. Jadi kesimpulan yang dapat diambil dari studi ini yaitu bahwa multiplex Nested PCR lebih menguntungkan dibandingkan dua metode konvensional lain yaitu isolasi virus dan Immunofluorescent Test Assay. Selain itu secara diagnosa multiplex Nested PCR lebih peka untuk mendeteksi gangguan virus-virus pada saluran pernafasan.
